因?yàn)橹獣詺v史上的孫承宗是自殺殉國(guó)的結(jié)局，朱由校也就沒(méi)有把他同其他東林黨官員一樣緝拿進(jìn)大牢。
　　但為了彰顯自己的帝王威嚴(yán)，還是將他軟禁在家中，暫停一切職務(wù)。
　　因此，孫承宗的家門前到現(xiàn)在也還站著兩排東廠番子，等朱由校來(lái)到他家門前時(shí)，就恰巧看見這一幕，便笑問(wèn)道：“孫先生，鎖在深院里的感覺(jué)不好受吧?！?br/>　　“還好，王公公親自給罪臣了派好幾條看門狗，至少無(wú)性命之憂?！?br/>　　目睹無(wú)數(shù)朝中同僚好友被害，孫承宗自然不敢對(duì)朱由校有半點(diǎn)怨言，但卻不妨礙他對(duì)朱由校的打手王承恩進(jìn)行明嘲暗諷。
　　朱由校倒也樂(lè)得見這兩人斗嘴，要是內(nèi)臣與外臣相契合對(duì)他這個(gè)獨(dú)裁帝王而言反而是一種不好的現(xiàn)象。
　　自己的祖父萬(wàn)歷皇帝之所以對(duì)張居正的報(bào)復(fù)那么重，何嘗沒(méi)有張居正和馮保聯(lián)合壓制了他皇權(quán)的因素。
　　“那你得感謝感謝他”，朱由校也不由得插科打諢了一句，見這孫承宗堂堂大學(xué)士，官居一品，但宅邸卻不過(guò)是一小小的二進(jìn)院子，院子天井旁的花園地都被開辟成了菜地，還養(yǎng)了雞鴨，走進(jìn)屋內(nèi)一看，也就一老婦在里面織布，心里倒也對(duì)孫承宗多了幾分好感。
　　那老婦見朱由校等人進(jìn)來(lái)，便忙要起身行禮。
　　朱由校忙制止了她的大禮，問(wèn)孫承宗：“這位是？”
　　“賤內(nèi)何氏”，孫承宗說(shuō)回了一句，朱由校忙道：“原來(lái)是師母”，便也欠了欠身，張嫣也跟著上來(lái)行禮，吩咐隨身侍女去將禮物拿來(lái)。
　　一時(shí)進(jìn)了孫承宗的書房，朱由校才擺出帝王的架子來(lái)，一口吹著熱茶，冷聲問(wèn)道：”孫承宗，你可知罪？“
　　“罪臣知罪，害陛下陷于危境，罪當(dāng)萬(wàn)死！”孫承宗忙起身朝朱由校作揖，并將一直擺放在大桌上的烏紗帽端到了朱由校面前。
　　“戴上吧，朕不是暴君，不到萬(wàn)不得已，朕是不會(huì)將自己的老師治死罪的”。
　　朱由校說(shuō)著就親自起身，將孫承宗手里的烏紗帽接過(guò)來(lái)戴在了孫承宗的頭上，見他滿鬢盡染白霜，便嘆道：
　　“先生老啦，一時(shí)不察，被下面的人蠱惑也是情有可原，這中樞內(nèi)閣，你是不能再待了，如今秦晉隴三地旱情頗重，當(dāng)?shù)毓賳T數(shù)次來(lái)報(bào)，潼關(guān)之內(nèi)都滿是流民，再加上邊鎮(zhèn)文臣武將克扣軍餉甚為嚴(yán)重，致使發(fā)生無(wú)數(shù)士兵嘩變；
　　所以，朕想讓先生您掛兵部尚書兼右都御史銜，總制三邊軍糧與響銀，一是賑濟(jì)災(zāi)民，收攏流民，二是安撫士兵，懲治不法官吏；以先生之威望定能替朕安撫三地，使朕無(wú)后顧之憂，三地軍民無(wú)衣食指愁，不知先生以為如何？“
　　從內(nèi)閣大學(xué)士降調(diào)為三邊總制，孫承宗心里倒也沒(méi)什么不滿，他也寧愿統(tǒng)兵一方，為大明立下汗馬功勞。
　　因而，還沒(méi)等朱由校繼續(xù)勸，他就直接躬身道：“愿為陛下效犬馬之勞。”
　　朱由校忙握起他的手：“如此甚好，如今朝廷最大之隱患莫過(guò)于這三地軍民之安穩(wěn)，我大明的江山社稷就全靠先生您了，先生去后不必手軟，上至巡撫，下至兵卒百姓，若有通敵賣給，違法亂紀(jì)，皆可先斬后奏，另外先生也不必怕花錢，該賑濟(jì)的就全力賑濟(jì)，該修繕的就花錢去修，還有，先生應(yīng)當(dāng)特別注意李自成、張獻(xiàn)忠二人，還有李過(guò)、劉敏宗等，若能安撫盡量安撫，若不能可直接除掉，到時(shí)候朕會(huì)派東廠的人協(xié)助您?！?br/>