俄國(guó)在日俄戰(zhàn)爭(zhēng)中戰(zhàn)敗后，根據(jù)《樸次茅斯和約》將關(guān)東州（遼南旅大地區(qū)）的租借權(quán)和南滿鐵路轉(zhuǎn)讓給日本。日本為維護(hù)其殖民利益，派遣2個(gè)師團(tuán)4萬人的兵團(tuán)進(jìn)駐關(guān)東州及南滿鐵路附屬地，并設(shè)立關(guān)東總督府。次年，總督府改為都督府，下設(shè)陸軍部，轄1個(gè)陸軍師、6個(gè)獨(dú)立守備營(yíng)、旅順重炮營(yíng)和憲兵隊(duì)等。
關(guān)東州這個(gè)詞是1905年日俄戰(zhàn)爭(zhēng)后，日本強(qiáng)占了遼東半島和南滿鐵路。不久，日本就將遼東半島改名為關(guān)東州，在旅順設(shè)立關(guān)東都督府，下設(shè)民政部和陸軍部。
這也是后世臭名昭著的關(guān)~東~軍的前身，但是現(xiàn)在他們還不叫關(guān)~東~軍。
在日本駐軍遼東半島這件事情上，清政府在里面再次的扮演了一份不光彩的角色。在1905年日俄戰(zhàn)爭(zhēng)之后，清政府與日本人簽訂了一份《中日會(huì)議東三省事宜條約》，在這份條約里他們正式的從清政府的手里得到了在遼東半島駐軍的權(quán)利。
經(jīng)過了多天的海上生活，一支極為龐大的艦隊(duì)抵達(dá)了旅順港口。這支艦隊(duì)滿載了五個(gè)師團(tuán)，共計(jì)十萬余人的部隊(duì)，從下船，并且卸下了足夠這些部隊(duì)作戰(zhàn)半年的輜重補(bǔ)給。與這支艦隊(duì)一起到達(dá)的還有大山巖。
大山巖，1878年任參謀本部次長(zhǎng)。1880年任陸軍卿。1882年任參議兼參謀本部長(zhǎng)。1885年成為日本帝國(guó)首任陸相。1891年晉升陸軍大將。。1894年作為陸軍大臣積極參與策劃發(fā)動(dòng)中日甲午戰(zhàn)爭(zhēng)，戰(zhàn)爭(zhēng)爆發(fā)后任第二軍司令官，指揮攻占中國(guó)金州、旅順和圍攻威海衛(wèi)等戰(zhàn)役。在旅順陷落后，他命令日軍有計(jì)劃、有預(yù)謀、有組織地在旅順進(jìn)行三天三夜慘絕人寰的大屠殺，殺害我同胞近2萬人。
日軍攻占旅順后，對(duì)城內(nèi)進(jìn)行了4天3夜的屠殺，死難者可能達(dá)2萬人，只有埋尸的36人幸免于難，后經(jīng)考察，生還者800余人，這就是震驚世界的旅順大屠殺。
據(jù)英國(guó)人艾倫的《龍旗翻卷之下》記載：“日本兵追逐逃難的百姓，用槍桿和刺刀對(duì)付所有的人；對(duì)跌倒的人更是兇狠地亂刺。在街上行走，腳下到處可踩著死尸。”“天黑了，屠殺還在繼續(xù)進(jìn)行著。槍聲、呼喊聲、尖叫聲和呻吟聲，到處回蕩。街道上呈現(xiàn)出一幅可怕的景象：地上浸透了血水，遍地躺臥著肢體殘缺的尸體；有些小胡同，簡(jiǎn)直被死尸堵住了。死者大都是城里人?！薄叭哲妦用~刺~刀穿透婦女的胸膛，將不滿兩歲的幼兒串起來，故意地舉向高空，讓人觀看”。
據(jù)美國(guó)《紐約世界》記者克里曼描述：“我見一人跪在兵前，叩頭求命。兵一手以槍尾刀插入其頭于地，一手以劍斬?cái)嗥渖硎住Ｓ幸蝗丝s身于角頭，日兵一隊(duì)放槍彈碎其身。有一老人跪于街中，日兵斬之，幾成兩段。有一難民在屋脊上，亦被彈打死。有一人由屋脊跌下街心，兵以槍尾刀刺~插十余次?！薄皯?zhàn)后第三日，天正黎明，我為槍彈之聲驚醒，日人又肆屠戮。我出外看見一武弁帶兵一隊(duì)追逐三人，有一人手抱著一無衣服的嬰孩，其人急走，將嬰孩跌落。一點(diǎn)鐘后，我見該孩已死，兩人被槍彈打倒。其第三人即孩子之父，失足一蹶，一兵手執(zhí)槍尾刀者即刻擒住其背。我走上前，示以手臂上所纏白布紅十字，欲救之，但不能阻止。兵將刀連插伏地之人頸項(xiàng)三四下，然后去，任其在地延喘待死?！薄按稳眨?1月24日）我與威利阿士至一天井處，看見一具死尸。即見兩兵屈身于死尸之旁，甚為詫異。一兵手執(zhí)一刀，此兩人已將尸首剖腹，刳出其心”“我經(jīng)過各街，到處見尸體均殘毀如野獸所嚙。被殺之店鋪生意人，堆積疊在道旁，眼中之淚，傷痕之血，都已冰結(jié)成塊。甚至有知靈性之犬狗，見主人尸首之僵硬，不禁悲鳴于側(cè)，其慘可知矣”。
據(jù)英國(guó)法學(xué)家胡蘭德的《關(guān)于中日戰(zhàn)爭(zhēng)的國(guó)際公法》引用維利爾斯的記載：“當(dāng)時(shí)日本官員的行動(dòng)，確已越出常軌。他們從戰(zhàn)后第二天起，一連四天，野蠻地屠殺非戰(zhàn)斗人員和婦女兒童。在這次屠殺中，能夠幸免于難的中國(guó)人，全市中只剩36人（后考察生還者約800余人）。而這36人，完全是為驅(qū)使他們掩埋其同胞的尸體而留下的?！薄捌渲杏幸粋€(gè)叫鮑紹武的人說：‘我們來參加收集尸體時(shí)，看到有的人坐在椅子上就被捅死了。更慘的是，有一家炕上，母親身邊圍著四五個(gè)孩子，小的還在吃奶就被捅死了’”。
旅順大屠殺之前，日本就為掩蓋事實(shí)真相做了周密的部署。1894年6月，日本陸軍省偕海軍省聯(lián)合頒令，嚴(yán)禁本國(guó)所有報(bào)刊登載軍事新聞，以免泄漏日軍對(duì)中國(guó)的侵略企圖。8月1日，內(nèi)務(wù)省即宣布對(duì)有關(guān)甲午戰(zhàn)爭(zhēng)的報(bào)道實(shí)施“審閱”制度，各報(bào)社發(fā)稿前，均須將原稿送呈指定的警保局，加蓋了“審查批準(zhǔn)”印戳的，方可發(fā)表。凡被認(rèn)屬“有污點(diǎn)的事件”，則打上“禁止刊登”之印記，用墨水涂毀。9月中旬，大本營(yíng)規(guī)定，改行新的《新聞材料公示程序》。全國(guó)報(bào)刊的記者們，只能到大本營(yíng)設(shè)在廣島的副官部去，申請(qǐng)檢索當(dāng)局“許可公布”的消息。而且刊登之后，皆應(yīng)寄交一份報(bào)刊給副官部備案。與此同時(shí)，大本營(yíng)對(duì)若干被允準(zhǔn)隨軍采訪的日籍記者（約130名，包括11名畫家、4名攝影師，分屬66家報(bào)社），下達(dá)了極端苛峻的“隨軍紀(jì)律”，并指派軍官全程監(jiān)視，一旦某人被軍方視為“有害的記者”，立馬押遣回國(guó)，給予重罰。
由于日本政府對(duì)事件的真相的成功掩蓋，當(dāng)旅順攻陷的消息傳至日本本土，全國(guó)多處游行舉宴，高呼萬歲，慶祝勝利。東京股票市場(chǎng)也反彈暴漲，“盛況宛如鼎沸”。大本營(yíng)隨后將第二軍在旅順劫掠的大批“戰(zhàn)利品”運(yùn)回國(guó)內(nèi)，展示于東京的靖國(guó)神社，前往觀展的人流“比到淺草、上野觀光的還要多”?！皯?zhàn)利品”這個(gè)名稱在日本國(guó)內(nèi)成為時(shí)尚，許多商家紛紛推出以“戰(zhàn)利品”命名的新商品，并得到暢銷。
旅順大屠殺之后，英國(guó)的中央通訊社和路透社先后被陸奧宗光指使日本駐英臨時(shí)代理公使內(nèi)田康哉收買?！懊慨?dāng)有不利（日本）的報(bào)道刊登在當(dāng)?shù)貓?bào)紙上”，這兩家新聞機(jī)構(gòu)通常都立刻出馬，給予反宣傳。路透社“及時(shí)制止”了本社記者從上海發(fā)來的揭露旅順“野蠻慘害”的電稿。中央通訊社則辯稱：“除戰(zhàn)時(shí)正當(dāng)殺傷之外，（日軍）無殺害一名中國(guó)人”。類似的還有美國(guó)的《華~盛~頓郵報(bào)》、日本的《日本郵報(bào)》、《日本周刊郵報(bào)》以及意大利等國(guó)的若干報(bào)刊。
同年12月1日，大山巖決定將日軍司令部遷往金州，將金州設(shè)為侵華戰(zhàn)爭(zhēng)的大本營(yíng)，翌日，即向日本東京呈報(bào)在金州、旅順兩地設(shè)立軍政廳的方案，對(duì)占領(lǐng)區(qū)全面實(shí)行軍政統(tǒng)治。在對(duì)占領(lǐng)區(qū)實(shí)施軍政統(tǒng)治期間，迫不及待地在金州、普蘭店一帶強(qiáng)行推行日本語言。
甲午戰(zhàn)爭(zhēng)在花園口登陸后，為了保證日軍的作戰(zhàn)物資供應(yīng)，他發(fā)布訓(xùn)令公告，強(qiáng)行掠奪遼東的生活必需品、房屋、勞役及運(yùn)輸工具、現(xiàn)金等。由此，日軍所到之處，沿途物資被掠奪一空。并于1895年4月和日本聯(lián)合艦隊(duì)一起參與并接受北洋艦隊(duì)的投降儀式。1898年由伯爵升遷侯爵，名列元帥府，是日本最早的四位元帥之一（其他三位為山縣有朋，小松宮彰仁親王，西鄉(xiāng)從道）。1899年任陸軍參謀總長(zhǎng)。在桂太郎和兒玉源太郎的分別培養(yǎng)使用、專任田村怡與造為參謀次長(zhǎng)等決策上均起了一言九鼎的作用。