人類反抗軍派系--【散兵】
原本是長老手下的變種人士兵，因?yàn)槟承┰蛉〕隽丝刂扑麄兊男酒⒒謴?fù)了自我意識，以及被改造的面目全非的他們很難再次融入到人類的生活，于是他們自發(fā)的聚集了起來，成立了使用無槍托武器，且能在戰(zhàn)場上高速移動的【散兵】派系，誓要將自己的怒火發(fā)泄在曾經(jīng)奴役他們的張老身上
人類反抗軍派系--【死神】
有著高超潛行能力的純?nèi)祟愂勘褂幂p便但又不失威力的維克托步槍和闊劍地雷作為武器，在黑暗處攻擊敵人。
他們曾發(fā)誓，如果不能將長老們趕出地球，那他們就將永遠(yuǎn)藏身于黑暗中。
人類反抗軍派系--【圣殿騎士】
疑似長老手下逃出的人類實(shí)驗(yàn)體（由【天選者】的一些對話可以推測出），他們掌握了目前人類所能掌握的最強(qiáng)的靈能力量，這些力量可以做到但不限于：
凝聚出紫色的靈能利刃、能在多個(gè)目標(biāo)間彈射的靈能閃電、以及大規(guī)模釋放靈能力量的靈能風(fēng)暴。
他們也是抵抗長老統(tǒng)治的人類之一，但是他們卻看得更遠(yuǎn)，對靈能深入使用或是在被研究是無意中得知的情報(bào)，讓他們知道了長老，并不是唯一的敵人。
變種人持盾者
雖說被稱作持盾者，但是他們并不攜帶盾牌，而有著能給一定范圍內(nèi)所有友軍單位增加一層能量護(hù)盾的能力（雖然不多，但是在游戲初期還是很惡心的），使用的是變種人制式的磁力步槍，自帶一定的護(hù)甲。
變種人護(hù)衛(wèi)者（盾兵）
mod敵人，攜帶一扇巨大的機(jī)械盾牌，且有著厚重盔甲的變種人士兵，可以偏轉(zhuǎn)攻擊,之后的至尊大師護(hù)衛(wèi)者同理，但是有著更加高科技和厚重的盔甲盾牌
乙太
mod敵人，其模型參考了一代的長老/虛靈，會使用一系列的靈能技能，有概率反射彈道攻擊，抵抗連續(xù)傷害，自動攻擊附近攻擊的敵人，還能通過自己浩蕩的靈能力量傳送外星人士兵到附近（游戲里甚至比原版最終boss【化身】還厲害）
原典
由數(shù)據(jù)和能量組成存在，會在玩家使用頭顱開采器探查靈能網(wǎng)絡(luò)時(shí)出現(xiàn)，疑似靈能網(wǎng)絡(luò)的活體防火墻，有著一定的靈能力量，能夠瞬移，在受傷又未直接死亡時(shí)，進(jìn)行自我復(fù)制，武器是一把輕型光束步槍